Как структурное подразделение, Лаборатория - Научный центр «Инженерные барьеры» была создана на базе ИГЕМ РАН «3» февраля 2025 г. согласно Приказу ИГЕМ РАН от «29» января 2025 г.
Необходимость создания Центра была вызвана расширением работ по созданию пунктов захоронения радиоактивных отходов и мероприятий по выводу из эксплуатации ядерно- и радиационно-опасных объектов, осуществляющихся, главным образом, в рамках Федеральной целевой программы «Обеспечение ядерной и радиационной безопасности на 2016–2020 гг. и на период до 2035 г.». Неформальное образование произошло 22 декабря 2022 г. с участием представителей Академии наук (ИГЕМ РАН, ГЕОХИ РАН), МГУ им. М.В. Ломоносова, Госкорпорации Росатом и др.